শেখ হাসিনা ২০০৯ সালে প্রধানমন্ত্রী হওয়ার সময় তার বিরুদ্ধে মোট ১৫টি মামলা ছিলো।  তবে কোনো মামলায় তাকে আদালতের কাঠগড়ায় দাঁড়াতে হয়নি। প্রধানমন্ত্রী পদের ক্ষমতা ব্যবহার করে তিনি আপাতত সকল মামলামুক্ত। বিলুপ্ত দুর্নীতি দমন ব্যুরো বর্তমানে দুদক শেখ হাসিনার বিরুদ্ধে বিভিন্ন অভিযোগে মোট ৯টি মামলা করে। এরপর ২০০৭ সালের ১১ জানুয়ারীর পর মঈন-ফখরুদ্দিন সরকারের অনিয়মতান্ত্রিক সরকারের শেখ হাসিনার বিরুদ্ধে দায়ের করা হয় আরো ৬টি মামলা। সবমিলিয়ে শেখ হাসিনার বিরুদ্ধে বিভিন্ন অভিযোগে মোট ১৫টি মামলা ছিল।  শেখ হাসিনা ক্ষমতায় এসেই তার নিজের বিরুদ্ধে দায়ের করা সকল মামলা প্রত্যাহার করে নেয়।  ১৫টি মামলার ৬টি রাজনৈতিক বিবেচনায় প্রত্যাহার করে নেয়া হয়।  আর হাইকোর্টের মাধ্যমে বাতিল করিয়ে নেয়া হয় ৯টি মামলা।
হাসিনার বিরুদ্ধে মামলার বিবরণ
বেপজায় পরামর্শক নিয়োগে দুর্নীতি : রাষ্ট্রের ২ কোটি ১০ লাখ ১ হাজার ৬৮৮ টাকা ক্ষতিসাধনের অভিযোগে ২০০১ সালের ১১ ডিসেম্বর দুর্নীতি দমন ব্যুরো শেখ হাসিনার বিরুদ্ধে এ মামলাটি দায়ের করেছিলো।  ২০১০ সালের ৩০ মে এই মালাটি বাতিল করে দেয় গোপালগঞ্জ আওয়ামিলীগের সাবেক নেতা ও বিচারপতি মোহাম্মদ শামসুল হুদা।
ফ্রিগেট ক্রয় দুর্নীতি মামলা : দুর্নীতি ও অনিয়মের মাধ্যমে দক্ষিন কোরিয়া থেকে পুরাতন যুদ্ধজাহাজ ক্রয় করে রাষ্ট্রের ৪৪৭ কোটি টাকার ক্ষতি করার অভিযোগে ২০০২ সালের ৭ ই আগষ্ট  শেখ হাসিনাসহ ৫ জনকে আসামি করে মামলাটি দায়ের করেছিলো দুর্নীতি দমন ব্যুরো। ২০১০ সালের ১৮ মে হাইকোর্টে এই মামলাটি বাতিল করে দেন গোপালগঞ্জ আওয়ামিলীগের সাবেক নেতা ও বিচারপতি মোহাম্মদ শামসুল হুদা।
মেঘনা ঘাট বিদ্যুৎ কেন্দ্র দুর্নীতি মামলা :  অবৈধভাবে কাজ দিয়ে রাষ্ট্রের ১৭ কোটি ৮৯ লাখ টাকা ক্ষতি করার অভিযোগে ২০০১ সালের ১১ ডিসেম্বর মামলা দায়ের করে দুর্নীতি দমন ব্যুরো। ২০১০ সালের ২২ এপ্রিল এই দুর্নীতির মামলাটি খারিজ করে গোপালগঞ্জ আওয়ামিলীগের সাবেক নেতা ও বিচারপতি মোহাম্মদ শামসুল হুদা।
খুলনায় ভাসমান বিদ্যুৎ কেন্দ্র সংক্রান্ত দুর্নীতি মামলা :  বঙ্গবন্ধু মেমোরিয়াল ট্রাস্টের নামে তিন কোটি টাকা চাঁদা নিয়ে খুলনায় ভাসমান বিদ্যুৎকেন্দ্র স্থাপনে সর্বনিম্ন দরদাতাকে বাদ দিয়ে দ্বিতীয় দরদাতাকে কাজ দেয়ার অভিযোগে শেখ হাসিনাসহ ছয় জনের বিরুদ্ধে ২০০৭ সালের ২ সেপ্টেম্বর তেজগাঁও থানায় মামলা করে মইন-ফখরুদ্দীন আমলের দুদক। এই চাঁদাবাজি মামলায় ২০০৮ সালের ১৮ মে অভিযোগ গঠনের পর বিশেষ জজ আদালতে মামলার সাক্ষগ্রহণ শুরু হয়েছিলো। ২০১০ সালের ১৩ এপ্রিল এ মামলাটি বাতিল করে দেয় গোপালগঞ্জ আওয়ামিলীগের সাবেক নেতা ও বিচারপতি মোহাম্মদ শামসুল হুদা।
নাইকো দুর্নীতি মামলা : রাষ্ট্রের ১৩ হাজার ৬৩০ কোটি ৫০ লাখ টাকা ক্ষতি করার অভিযোগে ফখরুদ্দিন সরকারের সময় ২০০৭ সালের ৯ ডিসেম্বর শেখ হাসিনাসহ সাতজনের বিরুদ্ধে এ মামলাটি দায়ের করেছিলো দুদক। ২০১০ সালের ১১ মার্চ এ মামলাটি বাতিল করে দেয় গোপালগঞ্জ আওয়ামিলীগের সাবেক নেতা ও বিচারপতি মোহাম্মদ শামসুল হুদা।
৮টি মিগ-২৯ যুদ্ধবিমান ক্রয় দুর্নীতি মামলা : নীতিমালা লঙ্ঘন করে রাশিয়া থেকে ৮টি মিগ-২৯ যুদ্ধবিমান ক্রয় করে রাষ্ট্রের প্রায় ৭০০ কোটি টাকা ক্ষতিসাধন করার অভিযোগে ২০০১ সালের ১১ ডিসেম্বর এ মামলাটি দায়ের করে দুর্নীতি দমন ব্যুরো। এ মামলায় ২০০৮ সালের ২০ আগষ্ট শেখ হাসিনাসহ ৬ জনের বিরুদ্ধে অভিযোগ গঠন করে আদালত। এ মামলার বিরুদ্ধে শেখ হাসিনার দায়ের করা একটি কোয়াশমেন্ট আবেদন আদালত খারিজ করে দিয়ে বলা হয় এই মামলাটি নিম্ন আদালতে চলতে।  প্রধান বিচারপতি এম রুহুল আমিনের নেতৃত্বে ৭ বিচারপতির ফুল আপিলেট ডিভিশন এই রায় দেয়। ফলে বিশেষ জজ আদালতে মামলার কার্যক্রম শুরু হয়।  ২০১০ সালের ৯ মার্চ শেখ হাসিনার বিরুদ্ধে দায়ের করা মিগ-২৯ যুদ্ধ বিমান ক্রয়ে দুর্নীতি মামলাটি বাতিল করে দেয় যুক্তরাজ্য ছাত্রলীগের সাবেক প্রতিষ্ঠাতা সাধারণ সম্পাদক ও বিচারপতি এএইচএম শামসুদ্দিন চৌধুরী মানিক।
 বঙ্গবন্ধু নভোথিয়েটার নির্মাণ দুর্নীতি মামলা :   জাতির জনক মাওলানা ভাসানীর নাম পরিবর্তন করে বঙ্গবন্ধু নভোথিয়েটার নির্মাণে প্রকল্পে ঠিকাদার নিয়োগে দুর্নীতি,  অ বৈধভাবে ব্যয় বৃদ্ধি করে রাষ্ট্রের ৫২ কোটি টাকা ক্ষতিসাধন করার অভিযোগে ২০০২ সালের ২৭ মার্চ তেজগাঁও থানায়  তিনটি মামলা দায়ের করে দুর্নীতি দমন ব্যুরো।    ২০১০ সালের ৪ মার্চ তিনটি মামলা বাতিল করে দেন যুক্তরাজ্য ছাত্রলীগের সাবেক প্রতিষ্ঠাতা সাধারণ সম্পাদক ও বিচারপতি এএইচএম শামসুদ্দিন চৌধুরী মানিক।
শেখ হাসিনা প্রধানমন্ত্রী হিসেবে ক্ষমতার অপব্যাবহার করে নিজের নামে থাকা ১৫টি মামলার মধ্যে নয়টি মামলা দুই শামসু বিচারপতিকে দিয়ে এবং বাকি ছয়টি মামলা রাজনৈতিক হয়রানিমূলক আখ্যা দিয়ে প্রত্যাহার করে নেন।